Ubuntu 9.10では、リポジトリとSkype自体はUbuntu Tweakから取得されます。 通知自体の作成は簡単であることが判明しました。以下にコマンドの例を示します。
notify-send "Hello world!"
notify-sendが表示されるように、libnotify-binをインストールします。
sudo aptitude install libnotify-bin
Skypeには通知設定があります。 「メッセージを受信しました」などのイベントを選択します。 「詳細設定」ボタンを押し、「ポップアップ通知を表示する」チェックボックスを無効にし、「次のスクリプトを実行する」行に書き込みます：
notify-send "%sname: %smessage" -i skype
変数％snameと％smessageは、それぞれ連絡先名とメッセージで通知に置き換えられます。 オプションのパラメーター-i skypeは、通知ウィンドウでアプリケーションアイコン（この場合はSkypeアイコン）を設定するようシステムに指示します。
「ファイル転送のリクエスト」は同じ方法で発行できます。
notify-send "%sname %fname (%fsize)" -i skype
本質的に、すべてがシンプルで明確であるため、必要なイベントを編集し、通知送信パラメーターを構成する必要があります。
以下は、イベントの行で使用可能な変数のリストです。
グローバルオプション：
％type-イベントタイプ
％sskype-Skypeの連絡先名（該当する場合）
％sname-連絡先の表示名（該当する場合）
チャットメッセージ：
％smessage-実際のメッセージテキスト
ファイル転送：
％fpath-ファイルパス
％fname-ファイル名
％fsize-ファイルサイズ（バイト単位）
％fprogress-ダウンロードステータス（バイト単位）
％fspeed-ダウンロード速度（バイト/秒）
UPD： shlyapaに感謝します 。 通知を見出し（太字で表示）とメッセージに分割する方がより同情的です。
notify-send "%sname" "%smessage" -i skype
ブログの記事へのリンクSkype for Linuxでポップアップメッセージを構成する