先日、サンクトペテルブルクで雪が降りました。夏のインスピレーションのために、2014年7月に開催されたイベントについてお話しします。 つまり、 バイオインフォマティクス研究所とSPbUの支援を受けたSPbAU RASによって組織されたバイオインフォマティクスに関するサマースクール 。 ハブレの最初の学校については、 こことここに書いた 。
この記事では、興味深い実験に焦点を当てます-学校内の教育および研究プロジェクト：アイデアから始まり、結果として判明したもので終わる。
著者についてのいくつかの言葉
この記事は、サンクトペテルブルク大学のアルゴリズムバイオインフォマティクス分野の2年生であるTimofei Bondarev、German Demidov、Oleg Yasnevを含む複数の著者の共同の努力によって書かれました。 学校では、ボランティアとしてインターンシップを実施するのを手伝いましたが、ドイツとオレグも研究プロジェクトを監督しました。
本文の後半で「私たち」という言葉に出会ったとき、私たちは誰かについて個別に話すのではなく、主催者とボランティアの大きくて友好的なチームについて話すことに注意する価値があります。
学校自体について少し
学校はサンクトペテルブルク近くのライヴォラのカントリーホテルで開催され、6日間続きました。その間、生物学者とコンピューター科学者/数学者の2つのストリームでさまざまなトピックに関する講義とセミナーが開催されました。 さらに、ミニカンファレンスとポスターセッションで参加者自身がプレゼンテーションを行いました。 学校の450のアプリケーションのうち、ロシア、CIS、さらには海外のさまざまな地域の物理的および数学、コンピューター、生物学の専門分野の100人の学生と大学院生が選ばれました。
クラスは、サンクトペテルブルクとモスクワの研究所と企業のスタッフ、およびいくつかの外国の大学によって行われました。 参加者は、アニメーションフィリップハイトビッチ（上海生物科学研究所; Skoltech）およびアレクセイコンドラショフ（ミシガン大学;モスクワ州立大学）と出会いました。 また、エレナ・グリゴレンコ（イェール大学）、イリヤ・セレブリスキー（フォックス・チェイスがんセンター）、アッラ・ラピドゥス（SPbSU、SPbAU RAS）などが行われました 。 昨年と同様、学校はRVC OJSC、JetBrainsとBIOCAD、Dynasty、RFBRの資金によって支えられていました。このおかげで、学校への参加は誰にとっても無料でした。 資料はオープンアクセスで投稿されます 。
勉強に加えて、楽しいイベントに時間を割り当てました。コンテスト「ノンセンスシーケンサー」、「ゲノムを収集」、学校の終わりを告げるパーティー...そしてトランポリンはホテルの領土で最も人気がありました=）
科学プロジェクトの詳細
アイデア
サマースクールで科学プロジェクトを実施するというアイデアは、6日間しか続かなかったため、どのようにして生まれましたか？ もちろん、そのような時代には真剣な科学はできません。 しかし、さまざまなレベルの参加者が学校に招待されました。最初の質問は、基本的な講義の内容をすでに知っている人にとって、学校をどのように活用するかということでした。
今後、レビューの参加者はプロジェクトを学校の最も興味深い部分の1つとして指摘し、100人全員が将来それらに関与することを推奨したと言います。
すべての始まり：問題
5日間の複雑すぎるタスクが最初に提案されました。
授与後、確率的シミュレーション、低レベルの最適化、およびその他の専門的なことはサマースクール向けではないと判断しました。 ほとんどの参加者は退屈で理解できないでしょう。 学校での科学プロジェクトは、教育的で、面白く、同時に科学的でなければなりません。 ハッカソンのような。
ほとんどの潜在的なプロジェクトマネージャーは、私たちの熱意を共有しませんでした。
バイオインフォマティクス研究所の学生に科学研究のプロジェクトを喜んで提案した人々の多くでさえ、5日間の研究は深刻ではないと述べた。 しかし、いくつかの回答があり、最終的にはエントリーしきい値が異なる6つのチームプロジェクトがありました（ ここで説明を読みたい人）。
科学プロジェクトの仕事を忙しいスケジュールに合わせる方法。
プロジェクトは、入門講義に興味のない経験豊富な参加者向けに設計されました。 それらの作業は、これらのクラスの代わりに、そして彼の空き時間の夜に行われることになっていた。 また、週の間に午前中にキュレーターといくつかの「スロット」とのミーティングが含まれました。 しかし、まだ十分な時間がありませんでした。 午前3時にホテルのバーに行き、そこで学生を見ることができます。 彼らは楽しんでビールを飲んだと思いますか？ いいえ、高速wi-fiがあり、プロジェクトに取り組みました！
参加者が多すぎます。
当初、3〜10のプロジェクトで15〜25人が計画されていました。 どうしたの？ 6プロジェクトに62人。 誰もが事前にプロジェクトの説明を受け取ったので、それらを研究して決定する機会がありました。 おそらくまだ時間が足りなかったか、処方が恐ろしいように見えたが、就学前に登録した人は20人未満でした。 プロジェクトのプレゼンテーション後、笑顔の幹部は何倍も喜んでくれました！ 授与後、主催者とプロジェクトマネージャーは動機付けをサポートし、全員を受け入れることを決定しました。これはプロセスに大きな影響を与えました。
期待対 現実：作業プロセス
キュレーター
そのため、学校の参加者の半数以上がプロジェクトにサインアップし、チームは不均一であることが判明しました。 キュレーターはこれをどのように処理しましたか？
ドイツ人（右の彼の陽気な写真）は、ホッキョクグマの個体群の歴史に関する彼の作品に10人の人々がいました。 その結果：学生は非常に早く進歩し、キュレーターも5つの異なる方向に彼らと一緒に行かなければならず、多くの時間がかかりました。
16人の生徒がChIP-seqデータの分析のためにオレグヤスネフに行き（タスクはUniProによって提案されました）、13人が病原体の場所を探すためにミハイルライコに行きました。 その結果、プロジェクトの作業は主に自由時間に行われ、状況に応じてグループ化されました。 学校の終わりまでに、すべての参加者は、実際には元の計画の一部ではなかった団結しました。 パベル・ドブリニンは学生をグループに分け始めませんでした、彼はすぐに皆と3つのプロジェクトに取り組み、同時に冷静な心のままでした=）
経験が示しているように、1つのプロジェクトの生徒をサブグループに分けて同じタスクを与えることはあまり効果的ではありません。 このオプションは、各サブグループに大きなタスクのサブタスクである個別のタスクが与えられたときに最も効果的に機能しました。 しかし、ここではあなたの強さを計算する価値があります。
学生
100人が地元のWi-Fiに耐えられなかったため、インターネットの問題の状況で働かなければなりませんでした。 不適切な場所で働いている学生のグループに出くわした場合、インターネットアクセスがあることを確認できます。
参加者は辛抱強く働き、学校の授業で得られた知識を含む新しい知識を積極的に習得しました。 たとえば、午前のセミナーの生物学の学生は、人生で最初のPythonスクリプトを書き、その結果をすぐにプロジェクトで使用しました。 計画どおり、科学的問題に関する講義、実践、および作業は互いに補完し合った。 この方向で、成長する余地があり、講義プログラムとプロジェクトをより密接に組み合わせます。
しかし、学生が熱心すぎず、有用なクラスを見逃さないようにする必要がありました-参加者は、有名な科学者による興味深い、自分の言葉での講義に行く準備ができていないほどプロジェクトに突入しました。 これらのプロジェクトが非常に魅力的であり、そのような深刻な競争にも耐えることがわかったのは楽しいことですが、もちろん、有益な講義を損なうことなく開催したいと思います。
役に立つヒント
このセクションでは、プロジェクトの作業を整理するのに本当に役立ついくつかのシンプルで便利なものを集めたいと思います。
学生がgitを学び、コードと結果 （レポート、グラフ、統計など）の両方をコミットすることが重要です 。 役に立つだけでなく、必要です！ リポジトリを維持し、変更を追跡するだけで、Hermanはゾンビ状態から学校の終わりまでの5つのサブプロジェクトで救われました。
事前に準備された指示も大いに役立ちました。 事前にそれらを読む人はほとんどいませんが、その過程で間違いなく役立つでしょう。 10〜20人の人がいて、それぞれが自分のペースで動いている場合、全員と同時にいることは不可能です。
特に学校では、生物学の学生の理解度に焦点を当ててgitの指示をまとめました。 プロジェクトの作業で生じるはずのシナリオが正確に含まれていました。 極端な場合、インターネットからのガイドも適しています。主なことは、簡潔で適切な対象者に焦点を当てることです。 学生にそのような証明書を与えることにより、あなたはすぐに正しい段落を提案したり、わずか5分で人を訓練することができます。
プロジェクトのトレーニングマニュアルも大いに役立ちます。 生徒は次に何をすべきかを常に持ち、学芸員が近くにいない場合、生徒は休むことはありません。 最初の数日間、他の多くの質問を解決しなければならなかったとき、トレーニングマニュアルは救いでした。
さらに、段階的なプロジェクトの予備的な通過は、不愉快な驚きからあなたを救います。 もちろん、問題のある状況はプロジェクトを実際の生活に近づけますが、厳しい時間に直面しても望ましくありません。
最後に、 生徒は自分自身で助け合って説明します 。 1人に何かを教えることで、実際に別の5人に教えます。 プロジェクトをさらに進めた人は、「遅れている」ことを伝えることができます。
結論
すぐに明らかになりました-プロジェクトは、完全な没入の形式で実際の問題を解決する機会を提供するため、非常に人気があります。 学校での状況は最も有利です。あなたは仕事から解雇されず、悪い点を与えず、昼夜を問わずいつでも助けてくれます。 参加者はquestionsすることなく、助けを求めることをandしまず、喜んで働きました。 さらに、講義や一般的なプラクティスよりも便利で個人に合わせたトレーニング形式です。
ちなみに、あなたはどれだけ終わりに達したと思いますか？ 正直なところ、60人がサインアップすると、数日でこの数が大幅に減少するという疑いがありました。 しかし、心の変化の学生は片手の指で数えることができます。 最後に来た人は本当によくやった。
まとめ
学校の最終日には、すべての参加者と審査員にプロジェクトの作業結果のプレゼンテーションがありました。 すべてのチームが非常に良い結果を達成し、彼らが本当に伝えるべきことがあったことを見るのは素晴らしいことです。
誰が勝った？ アッラ・ラピドゥスが言ったように、ロシアの伝統によると、クマが勝ちました（ホッキョクグマの個体群の歴史を研究するプロジェクト ）。 しかし、主な勝利は、すべての人が未知の困難に突っ込むことを恐れず、終わりに達したということでした。 彼らは多くのことを学び、目覚ましく進歩し、熱意と将来への計画にも満ちていました。 そしてそれは素晴らしいことです！
あとがき
学校は著者に何を与えましたか？ 彼らによると、最も重要なことは貴重な経験と多くの興味深い知り合いです。
ティモフィーは教室で非常にうまく支援したため、バイオインフォマティクス研究所でPythonコースを教えるという申し出を受け、現在は2学期を読んでいます。 ドイツ人はインスピレーションを受け、秋学期に研究所の2人の学生のプロジェクトマネージャーになりました。 サマースクールは、オレグがマスターの仕事にふさわしい興味深いトピックを見つけるのを助けました。 各参加者にとって、学校が役に立つことを願っています！
もしあなたも興味があれば、今年はサマーバイオインフォマティクススクールが再び開催されます。今回はモスクワで7月20-25日に開催されます。 申請書は5月25日まで提出できます。 そして、バイオインフォマティクスを研究する強さと欲求を感じたら、バイオインフォマティクス研究所とサンクトペテルブルクアカデミック大学でのインタビューでお会いできてうれしいです（バイオインフォマティクスに加えて、ソフトウェア工学と理論的コンピューターサイエンスも採用しています）。
じゃあね！