Olympiadプログラミングの問題を解決するための広く知られたサイトは、たとえばTopCoderやCodeforcesなど 、数学的パズル問題のコレクション、たとえばProject Eulerなどがあります。 過去1年間、オンライン教育のブームがありました。米国のトップ大学からオンラインコースを提供するスタートアップのCourseraとUdacityがありますが、バイオインフォマティクスを勉強したい人にはまだ何もありません。
ロザリンド -2012年5月以来、 サンクトペテルブルクとカリフォルニア大学サンディエゴで開発されているプロジェクトは、このニッチを埋めます。 これは、自由でオープンな問題解決を使用してバイオインフォマティクスを教えるためのプラットフォームです 。
すべてのトレーニングは、サイトのメインコンテンツを構成するタスクを中心に構築されています。
各タスクには、生物学的正当性と、正式な解決策に十分な厳密な定式化が含まれています。 たとえば、 12番目のタスクでは、DNAの小さな断片からゲノムを組み立てる必要があります。 また、シーケンスとは何か、なぜシーケンスが必要なのかを示します。
ユーザーは任意のプログラミング言語や紙で問題を解決できますが、サイトからテストデータセットをダウンロードした後、処理に必要な時間はわずか5分です。 答えが間違っている場合は問題ありません。何度でも試すことができますが、同時にデータセットは毎回新しく生成されます。
すべての問題をすぐに解決できるわけではなく、最初の問題だけをすぐに解決できる場合もあります。 タスクは依存関係グラフに組み込まれているため、学習プロセスはより意味があり、資料は順番にマスターされます。 しかし、たとえば、ゲノムアセンブリ、配列アライメント、または計算プロテオミクスのみに関心がある場合は、依存関係グラフに沿って特定の方向に深く入り、他の問題を解決することはできません。 したがって、取得した知識は選択したトピックでより深くなります。
そしてもちろん、このサイトにはプロファイルがあり、ゲームの仕組みの始まりであるレベルとバッジがあります。
この興味深いバイオインフォマティクスの世界に飛び込みたい、または新しいことを学びたいだけの人にとって、ロザリンドが役に立つことを願っています。
プロジェクトは活発に開発されているため、私たちはどんな批判にも喜んで耳を傾けます。 特に、8月26日に、国際会議RECOMB Bioinformatics Educationがサンクトペテルブルクで開催されます。その主なトピックの1つはロザリンドです。
このシステムは、そのコースでのタスクの再利用、いわゆる「教授アカウント」を既にサポートしています。これが、2013年春にUCSDとHarvey Muddの教育プロセスにRosalindを導入する理由です。 しかし、ロザリンドを使用すると、簡単になります。
私たちは常に新しいタスクを追加しています。現在42のタスクがあり、ほぼ同じ量がドラフトコピーにあります。 最近、バイオインフォマティクスコミュニティがコンテンツ作成プロセスに参加できるように、タスクのカスタムアイデアを受け入れ、監督することが可能になりました。
計画には、UCSDのバイオインフォマティクスに関する講義のビデオ録画と、この資料に基づいたいくつかのオンラインコースの作成が含まれます。
PSプロジェクトの名前はRosalind Franklinにちなんで付けられ、その研究によりWatsonとCrickはDNAのらせん構造を発見しました。 ロザリンドは、遺伝的素因があり、放射線で多くの仕事をしたため、37歳でこの発見に対してノーベル賞を授与される4年前に癌で亡くなりました。