最初の2つのスライド：
ここでは、共有結合と水素結合のより厳密な定義が示されています。 そして、それらが数学的にどのように記述されるか。 さらに、それは私たちにとって重要です：
1.禁止された共有結合が実際の回転を行うよりも長く現れたかどうかを計算し、1ダースの水素結合を計算します。 したがって、これは、他のすべての基準に従って、検出された状態に満足している場合にのみ行われます。 少なくとも1つの禁止された共有結合があるかどうかを通知するGetFullCovalentBond（）関数があることを考慮してください。 ある場合は、これらの状態を考慮に入れます。 ただし、FoldItゲームでは比較的衝突が迅速に計算され、これらの状態が「悪い」状態から取り除かれます。 それは理にかなっています。 しかし、残念ながら、私はこれを通常行う方法のアルゴリズムを持っていません。
2.すぐに形成される分子間、または2〜3個（タイプによって異なる）の水素結合が重要です。 さらに、「ヌクレオチド間で水素結合が形成された」という文脈で話します-2/3の結合がすべて形成されたことを意味します。
3.最初は、非標準の水素結合が存在する可能性があることに非常に悩まされていました。 つまり DNAの場合はGがCで、AがTの場合（ただし、RNAの場合はU）とは異なります 別の驚きがあるかもしれません。 たとえば、G c Uと三重結合A c two Uが同時にあります。
4.繰り返しますが、これは重要です。特定の原子が互いに<3オングストロームの距離で、特定の角度<20度で配置されると、水素結合が形成されます。 すべての原子座標はオングストロームで計算されます。 また、ScoreGroup関数（int N1、int N2）があり、2つの数のヌクレオチド（分子）がチェーンに供給され、必要なすべての水素結合を作成するためにどれだけ近いかについての答えが得られます。 ここで重要なのは、答えが「はい/いいえ」ではなく、「はい」に近似する関数であることです。 どのような機能については、後続の記事で説明します。
では、チェーンをどのように回転させることができますか。 まず、ヌクレオチドを1つだけオンにしてみましょう。
チェーンは、9つのねじれ角を回すだけで回転します。 彼女は他の方法で動くことができません-それは生物学（エネルギー）によって禁止されています。 いわゆるメインチェーンには6つの角度があり、前の記事の図で実線で示されています。 これは、アルファで始まるギリシャ文字で示されます。 サイドチェーンのさらに3つの角度は、互いに大きく依存しています。 それらを独立して回転させることはできません。したがって、この角度を以下の番号7で呼び出しますが、実際には3つの角度の組み合わせがあります。 側鎖はラジカルです。 ヌクレオチドa、u、c、gの実際の違い-主鎖（28-33の12個の原子）は同じです。
ヌクレオチドが1つしかない場合、6つの角度でほぼ無制限に回転できることは明らかです。 そして、7日には非常に少ない禁止。 何も邪魔しません。 すでに2つのヌクレオチドのチェーンがある場合、禁止事項が表示されます。1つのヌクレオチドの原子が別のヌクレオチドの原子に飛び込む可能性があります。 しかし、バンドルは大きくないので（ビーズを取る-隣同士の2つのボールは強くないので、回転するときにそれらが衝突する可能性があります-ロープの長さがそれらの間で短い）-禁止事項も多くありません。 しかし、6つ以上の禁止事項を採用する場合、多くの禁止事項が存在する可能性があります。
そして、ここでは、すでに1つのコーナーで0.1度回転すると、たとえば水素結合を形成するために別の角度で回転できます。これがないと機能しません。
難しさは何ですか？ すべての組み合わせを計算できます。たとえば、1日、2〜3ヌクレオチドのチェーンについてのみ、週4または1か月がすでに必要で、その後何年も:)
しかし、すべての角度が互いに相関しているわけではありません。 互いにほとんど影響しないものがあります。 しかし、このケースでは誰にもわかりません。
しかし、ステップで必要な角度を取り、設定することは不可能であるため、最良かつ最良の状態を段階的に取得するための反復手順を開発したいと思います。 しかし、私はそのような実験をしました。 わずか3ヌクレオチド（生物学的に縮退した状態）を取りました。 そして、最初のヌクレオチドの始めにターンを行い、最良の状態を見つけ、次に2番目に最適を修正し、次に3番目（1回の反復-1500 + 1500 + 1500回転の誤計算）に最高を修正します... アルゴリズムは、最終的にスコアが-9.41のそのような状態を見つけます。
これを行う場合は、最初のヌクレオチドを1,500ターン、次に1,500オプションごとに2番目を1,500ターン、1番目と2番目の組み合わせ（1,500 * 1,500オプション）で3番目を1,500ターンオプションに変えます。 約30億のオプションを徹底的に検索し、-13.87の最適な条件を取得します。
しかし、徹底的な検索のパスは閉じられており、ローカル近似オプション（最初のオプション）に減らしたいと思います。 これを行う方法については、次のパートで説明します。
詳細を理解するために、2つのリンクを提供します。
1. 上記の実験の詳細について
2. RNAヘリックスのヌクレオチド振動の自由度については、法則が最大限に非線形であり、単純な論理は存在しないことが明らかに見られます。