mysqlcheck -o --repair db_name
InnoDB内のテーブルは、修復されないだけでなく （エンジンはこの機能をサポートしないため、修復されるべきではありません）、最適化も機能しません。
つまり、ベースは最適化されずに残り、気付かないでしょう！
これを行う場合：
mysqlcheck -o db_name
、各テーブルを再作成します。
このため、MyISAMからInnoDBへの移行以来、半年の間、クラウンスクリプトによって最適化が実行されていません。
PS：私の場合、innodb_file_per_tableが使用されます。